无房本房屋转让协议是指房屋所有权证明文件缺失或无法找到的情况下进行房屋转让所签订的协议。在这种情况下，房屋转让的合法性和有效性可能会受到质疑，因此需要采取一定的措施确保协议的生效。以下是在无房本房屋转让协议中如何确保其生效的一些建议：

1、确保签订的无房本房屋转让协议符合相关法律规定

无论是否有房屋所有权证明文件，转让房屋的协议都必须符合国家法律法规的规定，明确房屋双方的权利义务，包括转让价格、交付时间、过户责任等内容。 如果协议内容存在不合法的或模糊不清的条款，会影响协议的有效性。

2、确保签订协议的双方的真实身份和意愿

在签订协议之前，双方必须确认对方的身份真实可靠，并自愿签署该协议。如果有一方是未成年人、无民事行为能力人或限制民事行为能力人，则转让协议可能会被认定为无效。因此，双方要确保对方已经取得了必要的法定意见和同意。

3、再者，尽可能的收集其他证明文件以证明房屋的归属

虽然缺少房屋所有权证明文件，但通过其他方式可以证明房屋的所有权归属，比如房屋交易记录、纳税证明、水电费缴纳记录等。这些相关证明文件可以作为协议生效的重要依据。

寻求专业律师的帮助并办理相关手续。在进行无房本房屋转让协议的过程中，最好寻求专业律师事务所的帮助，他们可以为您提供具体的法律意见和指导，协助您制定合法有效的转让方案，并帮助您办理相关手续，确保协议的生效。

要使无房本房屋转让协议生效，关键在于确保协议合法有效，并尽可能收集相关证明文件，以及确保签订双方的真实身份和意愿。在这个过程中，律师的帮助是非常重要的，可以避免合同主体出现漏洞，确保协议的有效性和稳妥性。