在婚姻关系中，如果一方不同意离婚，但另一方已经分居两年，这时应该如何处理？分居两年是一个具有法律意义的时间段，根据我国《婚姻法》，分居两年可以成为离婚的原因之一。这种情况下，如果另一方仍不同意离婚，可以向法院提起诉讼，通过司法程序解决此类纠纷。

在这种情况下，作为专业的律师，我们需要考虑以下几点

一、听取当事人意见

首先需要了解各方的意愿和观点，包括原告的离婚要求以及被告的不同意离婚的原因。了解双方的想法可以更好地制定解决方案。

二、寻求调解

在提起诉讼之前，可以尝试通过调解的方式解决分歧。法院会委托专业的调解员进行调解，尝试寻求双方的共识，并帮助双方达成一致意见。

三、提起诉讼

如果调解无法取得成果，可以向法院提起诉讼，请求法院判决离婚。提起诉讼需要准备相关的证据和材料，包括分居证明、婚姻关系存续期间内的关键事件、财产分割等。

四、诉讼过程

在诉讼过程中，需要遵循法定程序，积极应对被告可能提出的反诉、抗辩等情况。同时，保护原告的合法权益，争取最有利的诉讼结果。

五、判决执行

如果法院判决离婚，而被告仍然不同意，可以通过法院的判决执行程序强制执行离婚判决。在执行过程中，需要依法保护被告的合法权益，同时确保原告的离婚权利得以实现。

作为专业的法律服务机构，八通律师事务所将会根据具体情况，为每一位当事人提供专业、细致的法律服务，在司法程序中协助当事人维护自身权益，为他们的合法权益争取最有利的结果。

无论是在离婚诉讼中，还是其他法律纠纷中，我们都将以专业的态度、丰富的经验，为每一位委托人提供优质的法律服务。希望通过我们的努力，能够为当事人解决问题，化解纠纷，维护他们的合法权益。